16S/18S/ITS三代扩增子测序 In 世界杯澳大利亚 @2026-08-07 15:53:05
16S/18S/ITS三代扩增子测序是基于Oxford Nanopore测序平台的全长扩增子测序技术，主要用于获取近乎完整的16S rRNA基因或ITS区序列，从而实现更高分辨率的微生物物种分类。与传统的二代扩增子测序相比，三代技术具备超长读长的优势，可覆盖16S或ITS基因全长，避免V区选择带来的信息缺失和分类偏差，在复杂微生物群落研究中具有显著优势。Oxford Nanopore平台具有实时测序、建库流程灵活、设备便携等特点，适用于多种应用场景下的快速微生物多样性调查和系统发育分析。
三代扩增子测序的主要特点和优势
l 使用Oxford Nanopore平台进行三代扩增子测序，可获取全长16S rRNA（约1.5 kb）或全长ITS区域的完整序列，具备更强的物种分辨率。
l 长读长直接读取，不需要二代拼接步骤，避免拼接误差和信息丢失。
l 分类准确性更高，能将相似度较高的属内种有效区分，适合临床病原菌、未知环境菌的精细识别。
l ITS测序可实现对完整ITS1-5.8S-ITS2区域的覆盖，提升真菌分类注释的完整性和准确性。
l 对已有数据库如SILVA、UNITE、NCBI RefSeq等支持良好，可结合定制参考数据库用于系统发育与菌株溯源分析。
l 适用于菌株鉴定、标准菌种库构建、自然样本中新物种发现等场景，适合对结果精度要求较高的研究项目。
三代扩增子测序的应用
16S rRNA基因全长扩增子测序（细菌/古菌）：
l 高分辨率肠道、口腔、皮肤菌群分类；
l 土壤、水体等复杂环境中物种精细解析；
l 工业发酵体系菌群动态追踪；
l 菌株水平系统发育分析、谱系溯源；
l 临床微生物检测与致病菌鉴定。
ITS全长扩增子测序（真菌）：
l 精准识别发酵微生物或食品中真菌组成；
l 土壤、根际等生态样本中真菌多样性调查；
l 真菌病原体检测、念珠菌属物种判别；
l 中药材真菌污染源分析、药用菌种类甄别；
l 真菌基因库构建与种质资源挖掘。
服务规格
样品要求
土壤、粪便：1g/样本
植物：0.5g-1g/样本
核酸样本：DNA≥10 ng/μl，总量大于400ng
其他类型样本请根据您的样品类型，查阅《罗宁生物送样指南》。
测序平台
MGI G99 PE250/PE300
Oxford Nanopore GridION/PromethION
生物信息学分析
1群落组成分析
α多样性分析
β多样性分析
差异物种分析
群落功能分析
网络模型分析
理化数据分析
注：示的建议数据输出和分析内容仅供参考。有关详细信息，请联系我们并提出您的定制请求。
交付
l 原始测序数据
l 实验结果
l 数据分析报告
常见问题
1. 三代扩增子测序适合我做菌群分析吗？
如果您希望获得更高的物种分辨率、更准确的菌种分类结果，或者样本中存在大量分类接近或未知微生物，那么三代扩增子测序非常适合。相比二代只能读取部分V区或部分ITS区段，三代可获得全长基因信息，分类更细致，适合科研发表、菌种资源发掘和病原体识别等高标准场景。
2. Oxford Nanopore平台数据准确吗？
Oxford Nanopore测序平台通过持续的化学优化和算法更新，已具备较高的测序准确率。我们通过质量控制、去噪处理和高置信度注释流程，可有效降低误差，获得高质量的全长扩增子数据，满足物种分类与下游分析的需求。对于细菌和真菌的分类任务，Oxford Nanopore平台已在多个研究中得到广泛验证。
3. 全长16S和全长ITS会不会影响后续分析流程？
不会。我们提供完整、标准化的全长扩增子分析流程，包括reads质控、物种注释、多样性分析和系统发育树构建。与二代扩增子的分析方法兼容，输出内容包括分类注释表、群落组成图表等，您可以根据需要选择基础注释或深度分析服务。
4. 三代扩增子测序的样本要求和流程与二代有什么不同？
三代测序对DNA质量要求较高，建议样本DNA浓度不低于30 ng/μL，总量不少于1 µg，需具备较高完整性（无明显降解）。测序流程不需拼接，建库流程灵活，可根据样本数量选择标签化方案，实现高效并行测序。我们会根据您提供的样本类型和目标基因，协助您设计合适的扩增引物和建库方案。
5. 是否可以同时测16S和ITS？数据如何区分？
可以。我们支持在同一批次中同时进行16S和ITS的扩增与建库，并通过双重标签（barcode）实现样本和目标区段的区分。测序后数据将按目标基因分别交付，并独立进行分类注释和群落分析，确保分析准确、可追溯。您也可以选择仅对其中一类进行分析，具体可根据研究目标灵活调整。